1. 電泳中，只有在恒壓的條件下電泳期間蛋白質才可以保持恒定的遷移速率。
2. 電泳時出現不規則的遷移條帶的原因多是電流不穩定。因此，要確保上下電泳槽中的電泳液與凝膠保持良好的接觸。其他可能的原因包括：加樣孔中加入的樣品太多；樣品中鹽濃度太高；邊緣效應。在凝膠邊緣，遷移條帶出現“微笑”狀或樣品遷移速度減慢，可能是因為凝膠的中間比兩側更熱造成的，降低電壓有助于改善這種情況。
3. 染色和脫色一般用最短的時間已足夠。如果染色過夜，則需要更長的時間脫色。如果脫色后發現染色不徹底，還可以重新染色。
4. 非特異性的考馬斯亮藍染色主要是由于未溶解的染料沉積而成，應將染料溶液過濾后使用。
5. 樣品緩沖液中煮沸的樣品可以在-20℃保存數周，但是反復凍融會導致蛋白質降解。儲存在-20℃的樣品上樣前，應該先使樣品升溫至室溫，使得SDS沉淀溶解。
6. 樣品不能沉到加樣孔底部的原因是：sample loading buffer中沒有足夠量的甘油；或梳子安放不合適，使得加樣孔底部留有聚合的丙烯酰胺。
7. 制樣過程中，如果樣品混合物變為黃色，說明溶液太酸，應加入NaOH調至藍色，否則樣品在電泳時會出現反常遷移。
8. 如果在4℃進行電泳，可以用十二烷基硫酸鋰（LiDS）替代SDS，低溫下LiDS不會沉淀。
9. 蛋白質條帶的清晰與否取決于SDS的級別和品牌。
10. 丙烯酰胺有劇毒，可導致中樞神經麻痹，也可能有致癌或致畸變的作用。可被正常皮膚吸收。如果接觸了丙烯酰胺粉末或溶液相，應立即用肥皂水沖洗。未聚合的丙烯酰胺應加入過量催化劑，以固體形式處理。